1、 性状：野生灵芝一般大小不一,不规整，形状一般较畸形,很多都是各形各异的。人工栽培的灵芝菌盖大,平整；
2、 本身生长问题：野生灵芝由于没有经过精心栽培和照料，风吹日晒雨淋，品质很差。当人们发现时，灵芝不是老化变质，就是虫蚁蛀蚀，灵芝所含有的有效成分将逐渐减少，最后整体木质化而降低功效。野生灵芝多在幼芽时期便被虫蛀，且因为野生灵芝环境的随机性，许多不明菌种混杂在野生灵芝中或者土壤受到农药污染导致野生灵芝重金属超标，诸多原因使得野生灵芝品质难以保证，误食对身体是有害的。而人工栽培灵芝经过精心栽培和照料，能够保证灵芝的功效。
3、 采摘优势：野生灵芝无法掌握合适的采摘时间，如果在成熟期未采摘，生长三年后有效成分就会老化变质，子实体木质化，药理活性就会消失。而人工灵芝可控制生长条件，能够在灵芝活性物质含量最高时采摘并及时采收灵芝孢子粉，品质较野生灵芝稳定安全，且无任何副作用。
4、 孢子粉收集优势：灵芝孢子粉是灵芝的最精华部分，野生灵芝在采摘时，一般只能采摘到子实体，灵芝的孢子粉属于特定生长周期的产物，非人工栽培几乎不可能收集到。而人工栽培灵芝则能很好地掌握其生长周期，孢子粉能完全收集。在生理活性方面，研究者在进行灵芝对体外肿瘤细胞的杀伤实验时，将野生灵芝粉、人工栽培灵芝粉及人工栽培灵芝粉加孢子粉等进行三组实验对比发现：野生灵芝与人工栽培灵芝对肿瘤细胞的杀伤能力基本相同，在人工栽培灵芝粉中加入孢子粉后，其杀伤癌细胞的能力增强了10倍，说明孢子粉与灵芝子实体配伍合用极大地提高了灵芝的生理活性。
5、 营养成分优势：有机锗溶于水，野生灵芝在风吹、日晒、雨淋下，有机锗几乎流失殆尽，这也是野生灵芝的反面看起来不黄的原因。野生灵芝无遮盖，风吹雨打，灵芝中最精华的部分——孢子粉也难以留存。另外，野生灵芝在野外有可能因霉变而失去药用价值。
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