构成灵芝菌丝体和子实体的物质基础是各种化学元素。这些化学元素又组合成许许多多的化合物；由这些化合物构成了有生命活动的灵芝。灵芝的生命活动主要是不断的从外界的基质中吸收各种化学元素及各种化合物用以构成自己；同时又不断地将其自身的一些化合物分解、氧化，以释放出其生命活动时所需要的能量；并且不时的将其代谢过程中产生的一些对其自身无用的或者是多余的废物或代谢产物排出。
灵芝菌丝的主要化学成分
组成灵芝菌丝的化学成分与其它生物相同，主要是水、蛋白质、核酸、碳水化合物、脂类及各种无机盐类。构成这些灵芝化合物的化学元素有几十种；其中含量较多有碳、氢、氧、氮、磷、钾、镁、硫、钙、铁、钠、铜、锰、锌及氯等等；其中碳、氢、氧、氮、硫、磷等六种元素含量最多，约占细胞总重量的95%以上。其它元素的含量很少，称之为微量元素。这些元素在灵芝菌丝内绝大多数是以化合物的形式存在，可分为无机化合物与有机化合物两大类。
（一）无机化合物
1.水 菌丝中90%以上是水。在菌丝内的水包括二类：
（1）结合水：与其它化合物结合起来的水分子，在一般的物理因素影响下很失去，也不能流动。
（2）自由水：是以游离状态存在的水。它是菌丝内重要的溶剂、能溶解各种营养成分及代谢产物。它在菌丝内起着贮存、运输的作用。
2.无机盐类：主要是指那些以离子状态存在的各种元素。如K+、Ca2+、Mg2+、Po3-、Ce2-等等。这些离子在菌丝内的总重量约占菌丝总重量的0.3%～0.9%左右。其中含量最多的是磷，约占菌丝总重量的0.15%～0.45%，它是以磷酸根的形式存在，并经常是与其他元素共同组成磷脂、核苷酸、二磷酸腺苷（ATP）等有机化合物，成为菌丝的重要组成成分。其它微量元素也很重要，其中的一些元素是酶的活性基因或者是酶的激活剂。
（二）有机化合物
1.碳水化合物（糖类）它包括有D-葡萄糖等单糖，麦芽糖、蔗糖等双糖，以及肝糖原等多糖类，和多种有机酸、醇、酚等化合物；其中含量最多的是多糖类。这些多糖多数是以游离状态或与蛋白质、脂类结合的形式存在于菌丝内，另一部分则以储备形式或以参与细胞结构的形式存在。
在糖类的氧化过程中，能释放出能量供菌丝生命活动的需要。
2.蛋白质 它是由碳、氢、氧、氮等四种元素为主组成的化合物，氮基酸则是组成蛋白质的基本化合物，组成蛋白质的氨基酸共有20余种。蛋白质在菌丝内的含量约为鲜重的7%～10%，是组成细胞质、细胞器、核等的主要成分，也是组成各种酶类的主要成分。菌丝在新陈代谢的活动中不断吸收氨基酸等营养用以构成菌丝所需的蛋白质，同时又不断分解蛋白质为其生命活动供能量。
3.核酸 包括核糖核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）。它们是由碳、氢、氧、氮和磷等五种元素组成；它们是灵芝遗传性、变异性及蛋白质合成等生命活动中起主导作用的物质。
4.脂类 脂类包括二大类，即细胞质中固定脂和贮存脂。前者是构成细胞质的必不可少的组成成分；后者则为储备物质的一部分。组成脂类的元素有碳、氢、氧等三种主要元素和氮、磷等辅助元素。在菌丝中，脂类主要以脂肪、磷脂、蜡质和固醇等化合物的形式存在的。
脂肪是由三个分子的高级脂肪酸为主要成分的混合物，其中不饱和脂肪酸约占脂肪中70%以上。其主要生理功能是以磷脂的形式参与菌丝的结构，同时也是能量贮存的一种方式。灵芝菌丝中含有的脂肪总重量不超过鲜重的 0.5%。
磷脂和固醇类是细胞质膜、内质膜、线粒体膜及核膜的主要成分。这些生物膜与菌丝吸收营养、排出代谢的废物等活动有着重要作用。
5.维生素 在灵芝菌丝内存在有以B族为主的多种维生素。这些小分子的化合物是多种酶类的辅基，如维生素B1（硫胺素）是脱羧酶的辅酶，维生素B2（核黄素）是黄素酶的辅基。
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